Os Bônus de Habilidade de Classe contam como Ranks?

Não, eles não.

As classificações de habilidades referem-se apenas ao número de poços que você colocou na habilidade.

Não consigo encontrar uma referência exata para comprovar isso, mas eles fazem um grande negócio quando se referem a ranks vs bônus:

Each level, your character gains a number of skill ranks dependent upon your class plus your Intelligence modifier. Investing a rank in a skill represents a measure of training in that skill. You can never have more ranks in a skill than your total number of Hit Dice.

e

Each skill rank grants a +1 bonus on checks made using that skill.

Como você só pode ter um número de Pontos em uma determinada habilidade igual ao seu nível, isso significa que um número mínimo de pontos é efetivamente um requisito de nível.

Então, quando, por exemplo, você tem um Assassino que tem uma exigência de no mínimo 5 níveis em Discrição , você deve ter pelo menos 6º nível antes mesmo de se tornar um assassino.

Editar:

Você está fazendo conversões! Este PDF gratuito irá cobrir a maior parte do que você precisa fazer: link (Você precisa de uma conta Paizo para baixá-lo, mas isso também é grátis).

Na seção Prestige Classes no guia de conversões:

Make sure to check the prestige class requirements (and the rest of the class) for any skills that have been altered or removed from the game and adjust them accordingly. In addition, the skill rank requirements should be equal to the 3.5 requirements – 3 (minimum 1 rank). Note that some of the core prestige classes do not follow this formula exactly and you should consider these requirements carefully.

Não, eles não.

Mas se você estiver fazendo uma conversão, usar o método padrão de exigir menos 3 ranques do que seria em 3.x poderia resultar em conversões inadequadas.

Várias classes de prestígio 3.x trabalham no pressuposto de que você está comprando algumas habilidades de classe cruzada. Isso é principalmente o caso de "8 graus deste mais 4 graus disto, isto e aquilo".

Pessoalmente, eu diria que você precisa de uma pontuação de (3.x rankings necessários) entre as classificações e o bônus de +3 para colocar ranks em uma habilidade de classe.

Não. As fileiras são habilidade bruta. Todos os outros bônus são apenas isso, bônus e adicionados após o fato. Qualquer coisa que especifique rank de habilidade como um requisito significa a taxa de habilidade bruta, não a taxa ajustada.