Isso é comum em sistemas de climatização com um único retorno central. Meu sistema também faz isso. É simplesmente a natureza de um sistema de retorno central. A única maneira prática de contornar isso é ter um sistema equilibrado com retornos por quarto dimensionados da mesma forma que os registros de suprimento dessas salas.
Há algumas coisas que você pode fazer sobre isso. Uma delas é gastar centenas a milhares de dólares necessários para refazer o duto de retorno de sua casa e colocar um retorno dedicado em cada sala. Outra coisa que pode ajudar é substituir as suas portas por outras mais pesadas em dobradiças menos lubrificadas. Ou você pode manter as portas abertas.
Quanto ao ventilador, remova-o, feche o buraco, alise o teto e estique o isolamento até o nível do restante do isolamento do piso do sótão.