Porque eles eram covardes
De acordo com as novelizações oficiais dos filmes prequel, o líder separatista Nute Gunray (vice-rei da Federação de Comércio) é covarde, Ser ganancioso e não muito inteligente. Seu medo é frequentemente traído pelo mau cheiro.
Da novelização oficial do episódio 3, parte 2, capítulo 10
Vale a pena ressaltar que Gunray ficou desgostoso até mesmo por seu aliado, Grievous, por covardia e aparência repulsiva.[Grievous]: Repulsive sniveling grub-greedy scum, both of them. And the rest of the Separatist leadership was every bit as vile.
Nos filmes, ele também é mostrado com muito medo de Darth Sidious. E não é provável que tal criatura possa detectar que ele está sendo usado simplesmente como uma marionete descartável.
Gunray (e também outros líderes de Spearatist) não conhece a outra identidade do senhor Sith, que ele manipula ambos os lados. Embora haja um perigo iminente de perder a guerra, e enfrentando acusações do lado vencedor, ele tem mais medo da ira do Sith do que qualquer outra coisa. Pelo menos, a República seria justa para o inimigo deles, mas os Sith nunca seriam.
Para outros líderes separatistas, acho que a lógica poderia ser a mesma.