Jeremy Crawford Respondeu este aqui com autoridade no conselho do sábio
Magic missile. RAW: You roll 1 damage die (see "Damage Rolls," PH, 196). RAI: It doesn't matter; you choose. #DnD https://t.co/AYRRX2j3AP
— Jeremy Crawford (@JeremyECrawford) September 8, 2016
Você está certo de que só precisa rolar uma vez para todos os dardos, independentemente do número de criaturas atingidas, de acordo com a RAW.
Mas tradição e diversão (eu gosto de jogar dados!) pode anular isso com pouco ou nenhum efeito sobre o dano causado, de acordo com a RAI.