Parece-me que você respondeu à sua própria pergunta: como o visto F1 pode não seja usado para entrar nos EUA , você precisa de outro visto.
Alguns lugares no mundo têm regras complexas para permitir trânsito aéreo sem visto ou com base em autorizações de residência específicas ou vistos de outros países, mas não dos EUA. Na verdade, os aeroportos dos EUA não são projetados para trânsito estéril, todos passam pela alfândega e imigração no primeiro ponto de entrada e os fluxos de passageiros não são separados depois disso (veja Preciso de um visto dos EUA para transitar (ou escala) através de um aeroporto americano? ).
Se você não é cidadão dos EUA, Canadá ou Bermudas ou se qualifica para o Programa de isenção de visto (VWP), precisa de um visto dos EUA (ou, em alguns casos, outro documento dos EUA como um green card ou cartão de passagem de fronteira) para entrar nos EUA, mesmo que seja apenas para trocar de avião em um aeroporto dos EUA. Mesmo os residentes permanentes do Canadá precisam de um visto para isso (a menos que eles venham de um país do VWP, obviamente).
Embora envolva alguns custos / atrasos / documentação, um visto de trânsito deve ser muito fácil de obter para você. Como você já foi aprovado para um visto F1 e também tem um visto canadense, o risco de usar este visto parece próximo de zero.