Como é que a Enterprise-D aparece no final do Deep Space 9?

A explicação mais fácil também é a correta: essa não era a USS Enterprise NCC1701-D.

Era um dos outros navios da classe Galaxy . Eles, diferentemente da Enterprise , desempenharam um papel importante na Guerra do Domínio. O USS Venture chegou ao DS9 durante a série, viajando em conjunto com alguns navios da classe Excelsior:

No episódio Sacrifício de Anjos , por exemplo, vemos 10 navios da classe Galaxy . Como a maior e mais poderosa classe de navios da Federação (por algum tempo), eles viram um uso extensivo na guerra e, muitas vezes, podiam ser o núcleo central em torno do qual uma frota se formava.

A guerra muitas vezes foi dura contra esses navios, e alguns foram criticamente danificados ou destruídos na guerra, como o USS Odyssey, abaixo.

Todas as imagens tiradas de Memory-Alpha .

Não é a Enterprise, é outra nave da classe Galaxy. A Enterprise era uma de muitas delas e todas parecidas, exceto pelo nome no casco. No episódio em que o Jem'Hadar é apresentado, por exemplo, vemos um (iirc, The Odyssey) ser explodido.