Sim, existe uma diferença química.
Quando você cozinha o mingau, o amido da aveia engrossa o leite como um pudim. Você não consegue o efeito (nome propício, alguém?) Apenas absorvendo-os. Assim como você nunca vai conseguir um pudim firme sem cozinhar.
O que você prefere saborear é uma questão completamente diferente.