É doméstico, período, então não há controle de passaporte. Nunca ouvi falar de funcionários do CBP fazendo verificações no local para voos de / para Porto Rico, mas se o fizerem, você pode explicar seu status para eles no caso de você não trazer o seu passaporte. Eles poderão verificá-lo
Btw, uma vez que você tenha seu Green card, é tudo que você precisa, mesmo quando entra nos EUA do exterior. Por exemplo, se você for para a Europa, embora seja necessário um passaporte para entrar lá, quando voltar para os EUA, basta apresentar o Green Card.