O corpo de Qui-Gon não desapareceu porque nesse ponto, Jedi não conhecia a habilidade para ser aquele com força (Se você levar Legends em conta , a habilidade foi perdida).
Mais tarde, no episódio 3, o fantasma da força de Qui-Gon aprendeu / redescobriu essa habilidade e contou-lhe Yoda. Yoda ensinou isso a Obi-Wan. É por isso que ambos foram capazes de desaparecer no momento de sua morte (você deve notar que o corpo de Obi-Wan desapareceu antes que o sabre de luz de Vader tocasse seu corpo).