Minha intuição é de que ela iria pelas mesmas regras que as falhas de energia.
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A flat-value flaw cannot reduce an effect or power’s final cost below 1 power point.
Portanto, uma sede de 0 ep ou -1 ep ainda custará 1 ep. É claro que qualquer coisa que as regras do GM sejam gratuitas (muitas lhe darão um celular e um lugar para ficar, ainda que aquelas ligadas ao seu ID civil) sejam gratuitas.
E os "HQs alternativos" funcionam por regras de matriz. Não é "a próxima sede custa o que o original fez, mais um", mas sim "custa 1 pp como alternativa". Assim, você pode ter uma sede de 33 EP e depois obter uma segunda com o mesmo valor para 1 EP e outra para 1 EP. Por que tão barato? Bem, você só pode realmente usar um de cada vez, e se alguém comprometer uma de suas sedes, as chances são de que eles consigam comprometer a maioria deles ao ultrapassá-los (de acordo com as regras usuais para matrizes, se está desativado, todos eles são, sem mencionar que o Equipamento pode ser removido a qualquer momento.)
Então, em suma, não, você realmente não encontrou uma brecha e está interpretando mal as regras para várias sedes. E, finalmente, a regra 0, o GM está livre para encerrar qualquer dessas travessuras de qualquer forma.