Como Haneda para Kitakyushu é um voo doméstico, sua porta de entrada será Narita , onde você precisará passar pela imigração antes de poder prosseguir para Haneda.
No entanto, até onde sei, os vistos japoneses geralmente não indicam uma porta de entrada ou restringem você a um. Por isso, não há problema em entrar em Narita e continuar em um voo doméstico, mesmo que originalmente você tenha declarado erroneamente Kitakyushu como sua porta de entrada ao solicitar o visto.