What's the quickest way we can resolve this? Because it was not our fault but there was some mistake with the embassy issuing his days.
Also, I wanted to find out that since we have been dating for over a year now, are there any possible applications that can make his visa to be more than 90 days?
...
We honestly didn't check because he always visits and he always gets 90 days.
(minha ênfase em ambas as citações).
Se ele visitou várias vezes com vistos de 90 dias em "mais de um ano" (o que eu presumo significa menos de dois anos), parece bastante provável que o visto mais curto não tenha sido um erro. A imigração da ZA provavelmente está tentando limitar seu tempo para garantir que ele não seja efetivamente residente. Se você quer um visto mais longo, então você pode ter que olhar para obter um visto de residência: perguntas sobre o assunto devem ser feitas em expatriados um>.