A resposta mais simples é que uma onda de choque para uma camada limite significa um acentuado gradiente de pressão adversa. Você provavelmente já sabe que o gradiente de pressão adverso vai engrossar uma camada limite e camadas limite espessas são mais propensas à separação. Além disso, se o gradiente de pressão adversa. é tão strong, pode imediatamente produzir um descolamento do fluxo da parede.
Adicione a isso que uma bolha de separação se forma na região próxima e isso interage com o choque. Todos esses fenômenos são bastante complicados e, para explorar sua física subjacente, as Simulações de Grande-Eddy (LES) são usadas para as equações de Navier-Stokes. Este é um tópico de pesquisa de nível de Ph.D. Se você quiser uma introdução, você pode verificar este source e descubra mais por conta própria.