Eu mesmo me perguntei sobre isso por um tempo e descobri algumas razões possíveis.
O terno era baseado na camiseta de Monica
O traje era baseado na camiseta de Monica, vermelha, azul e com uma estrela. Como tal, parece provável que Carol tenha mantido a estrela como uma referência a isso, bem como às outras razões.

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Ela "altera" ... mais ou menos
Talvez muito importante, ela altera as cores do traje ao redor do logotipo para fazer com que pareça que o logotipo se estende até o terno mais do que antes. Veja as tiras de ouro ao lado no novo visual comparado ao antigo:

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Os uniformes Starforce são personalizados
Podemos ver na imagem acima que cada membro do Starforce tem um uniforme ligeiramente diferente. Como mencionado em esta excelente resposta as estrelas no peito de cada pessoa também são personalizadas. Este foi realmente um projeto consciente, porque cada membro é único e tem suas próprias armas, como Sanja Milkovic Hays afirma abaixo em Capitão Marvel da Marvel: A Arte do Filme.
The Starforce uniforms are similar in design and color scheme, but each has unique detailing. "They were designed on the Captain Marvel costume," Costume Designer Sanja Milkovic Hays says. "Her costume is almost the same. It's just a different color, black and teal, and then everybody else's are similar. But each costume is unique because they are a specialized force, and each has his or her own weapons. Each costume has a different star. Each has slightly different lines, different shoulders, different weapons. I think for all of us, the first time we saw Starforce, it was like, 'Oh my God. This really works.' It was just really amazing."

Isso foi possível?
Também vale ressaltar que, conforme mencionado em Resposta de Stark07 o traje em si provavelmente não possuía a funcionalidade incorporada para poder fazer alterações físicas, apenas parece capaz de alterar a cor do traje. Portanto, ela provavelmente teria que fazer as modificações manualmente, e não através de qualquer processo incorporado.
No entanto, existem duas coisas que poderiam ser evidências contra essa teoria. A primeira é que o capacete dela sai do traje, então talvez ele possa fazer modificações em tempo real. É claro que isso é facilmente explicado por ser uma função incorporada.
A segunda coisa, e talvez mais importante, é que a vemos mudar a aparência, ainda que ligeiramente, como mencionado abaixo. Ela adiciona faixas de ouro ao lado da estrela, que parecem um pouco diferentes das bandas que estavam lá anteriormente.
Houve tempo para?
A missão não era exatamente crítica em termos de tempo, mas precisava ser feita rapidamente. Carol não teve exatamente tempo para brincar com uma parte tão sem importância de seu traje, mudando as cores imediatamente envia o sinal de que ela mudou. Mudar ainda mais o símbolo não teria afetado tanto.
Se estou me lembrando corretamente de quando ela realmente decide mudar as cores que está prestes a deixar, provavelmente não houve tempo para tirar o traje e remover o logotipo.
Foi necessário?
Como mencionado acima, mudar a cor do traje envia um forte sinal de que ela mudou de aliança e, portanto, mudar o símbolo não era realmente necessário.