Toda a questão depende dos termos exatos do bilhete, tarifa E do agente de reservas (seja um site, um agente real ou até a própria empresa).
Dito isto - e falando por experiência própria (mude grande) na alteração e cancelamento - as taxas de alterações / cancelamento quase sempre para o bilhete como um todo e não para o LEG / SEGMENT. Na verdade, não me lembro de alguma vez ser diferente ..
Mas se, por exemplo, você fizer alterações em um único LEG dentro do mesmo bilhete - taxas / regulamentos diferentes podem ser aplicadas dependendo, novamente, da companhia aérea. (por exemplo, não mude a primeira mão e faça uma permanência mais longa com a segunda)
Dito isto (novamente), a melhor maneira é entrar em contato diretamente com a companhia aérea.
Um pequeno adendo de dica:
Como viajante de negócios, viajo muito (vôos 4-8 por mês) me vejo alterando / cancelando voos quase 70% -80% do tempo. Se você já está pensando em cancelamento / alterações - ou se houver uma chance (mesmo que leve) de fazê-lo -, minha própria dica e opinião é que é sempre melhor optar por um bilhete de preço mais alto com as alterações permitidas. Caso contrário, em alguns casos, você pode simplesmente perder o ticket inteiro.