O que acontece com as informações classificadas de um governo quando esse mundo se junta à Federação?

Isso parece estar totalmente dentro dos limites do artigo 1: 0.1 da Carta da Federação (de acordo com o Manual Técnico da Frota Estelar).

0.1) The UFP will not intervene in "matters which are essentially the domestic jurisdiction of any planetary social system"

Mas como vimos em TNG: Anexado, um mundo que ainda está agindo com a impressão de que precisa espionar extensivamente seus vizinhos (ou seu próprio povo) quase certamente terá sua associação negada.

RIKER: They will also listen to the reports of the Captain of the Enterprise and his First Officer. And I can tell you right now the First Officer's report will go something like this. Kesprytt, a deeply troubled world with social, political, and military problems they have yet to resolve. The Kes, while a friendly and democratic people, are driven by suspicion, deviousness, and paranoia. It is the opinion of this officer they are not ready for membership. Now, the matter of our missing officers.

Na série original, Journey to Babel deixa bem claro que os governos planetários não estão inteiramente incluídos na Federação. Eles têm seus próprios embaixadores e políticas externas com os telaritas, por exemplo, tendo algumas diferenças reais com os andorianos.
Eles ainda mantêm suas próprias forças armadas baseadas na Frota Estelar na época, sendo especificamente um serviço da Terra operando sob a Agência Espacial para Terra. Portanto, eles provavelmente trocam dados de inteligência, como as agências da OTAN, enquanto retêm alguns deles.

Na época do TNG, a Federação parecia estar mais consolidada, mas não notei nenhum não-humano na Seção 31; portanto, as agências de inteligência provavelmente ainda existem, mas são ainda mais discretas.