O agente VFS está errado. Você pode verificar isso no calculadora oficial de Schengen. Se você digitar suas datas e clicar em "calcular", verá que isso conta como dias 16.
O método de contar dias de presença é especificado no Código das Fronteiras Schengen, Artigo 6 (2):
...the date of entry shall be considered as the first day of stay on the territory of the Member States and the date of exit shall be considered as the last day of stay on the territory of the Member States....
Há outra consideração, no entanto. O formulário de pedido de visto Schengen solicita ao solicitante, no número 25, que indique uma duração específica da estadia. Se você digitou 15 para este item, então é seu erro e é improvável que você a conserte, exceto enviando uma nova inscrição e pagando a taxa novamente. Provavelmente isso ainda é melhor do que alterar seus planos de viagem.
Se você de fato digitou a figura correta 16 para esse item, você deve registrar uma reclamação formal no VFS por meio do página de experiência do cliente. Explique que o visto de dia 15 não é adequado para a viagem proposta e não corresponde aos dias que você solicitou no seu pedido e que você gostaria que o visto fosse corrigido. Eu provavelmente mencionaria a calculadora de vistos Schengen e o art. 16 (6) do Código das Fronteiras Schengen.
Se o VFS rejeitar formalmente sua reclamação, tente encaminhá-la às autoridades suíças. Se o VFS não chamar a atenção das autoridades suíças, você pode tentar encontrar uma maneira de reclamar com a embaixada suíça na Arábia Saudita, mas não consegui encontrar uma. Lá é, no entanto, informações de contato para o Secretaria de Estado de Migração na Suíça. Essas pessoas, pelo menos, devem entender que a sua viagem proposta exige um visto de um dia 16. Se você lhes explicar o seu problema, eles poderão ajudá-lo a resolvê-lo, instruindo o VFS a aceitar sua reclamação ou por outros meios.