A importância da cena em relação a El Camino é que Jesse encontra fechamento com sua antiga vida (Breaking Bad). Não é apenas Walt, também vemos memórias de Mike e Jane.
A cena destaca muito uma parte do personagem de Walt que definiu a interação de Jesse com ele, de uma maneira que Jesse agora pensa retroativamente que deveria ter visto as bandeiras vermelhas.
Há algumas pequenas coisas aqui: Walt está dando conselhos paternos não solicitados, Walt assume que Jesse não se formou (revela como Walt pensa em Jesse), Walt geralmente é intrometido (dizendo a Jesse o que fazer / alcançar), embora ele pretenda bem. Mas o elemento mais importante aqui é encontrado em a seguinte citação:
You're really lucky, you know that? You didn't have to wait your whole life to do something special.
Não é o ressentimento que é o grande problema aqui (apesar de contribuir), mas sim que Walt está claramente apaixonado pelo que está fazendo. O amor de Walt por suas atividades é o que acabará por levar a sua queda e a de todos ao seu redor, levando a vida de Jesse em uma gaiola e a vida subsequente em fuga.
Você pode até vê-lo na resposta de Jesse a essa citação. Ele está inicialmente estupefato, claramente tentando descobrir se Walt quis dizer o que ele disse. Uma vez que Jesse percebe que Walt não falou mal, ele abaixa a cabeça, o que implica que ele discorda, mas não está disposto a entrar nisso.
Embora seja apenas em épocas posteriores, descobrimos que Walt está apaixonado por construir um império, em vez de ganhar metanfetamina ou ganhar dinheiro; o ponto principal da cena é que Jesse está se lembrando de que deveria ter visto as bandeiras vermelhas no restaurante. Ele percebeu um pouco, mas o dispensou e continuou trabalhando com Walt.
Jesse was seen wearing a cap that Skinny gave him. Is that scene linked to his present?
Como o @Charles já mencionou, não é o limite de Skinny Pete (que é preto completo com um logotipo branco) É o boné de Jesse. Acontece um pouco com isso.