Eu deveria começar admitindo que há uma quantidade considerável de especulações envolvidas nesta resposta. No entanto, essa especulação, tanto quanto eu posso ver, é consistente com as histórias do Universo Marvel.
Na maior parte, outros super-heróis passou a ser sobre-humano, geralmente por causa de um acidente ou de outros eventos imprevistos. Por exemplo, o Homem-Aranha era uma pessoa normal até ser mordido por uma aranha radioativa. O Hulk era uma pessoa normal até ser exposto a uma alta dose de radiação gama.
Os mutantes, por outro lado, são nascido mutantes. Os pais temem que seus filhos nasçam "diferentes". Mutantes reforçam esse medo. Ninguém sabe por que os bebês estão subitamente nascendo com essas mutações e superpotências, mas está se tornando mais prevalente o tempo todo. Os pais que não odeiam os mutantes ainda ficariam chateados se seus filhos nascessem como mutantes, porque eles serão submetidos ao ridículo, discriminação e até violência. E, é claro, há uma boa chance de que eles possam se tornar o ruim tipo de mutante - mais Magneto que Xavier (embora a maioria das pessoas não faça muita distinção entre os dois).
Outros super-heróis são casos únicos e isolados. Não há possibilidade de o mundo ser dominado por bilhões de homens-aranha. Não haverá um milhão de Hulks ou Thors ou Iron Men ou o que seja. Eles são notáveis porque são raros, e são raros porque só existem devido a algum tipo de acidente ou evento imprevisto. As pessoas em Nova York podem não gostar muito do Homem-Aranha, mas também não se preocupam com os homens-aranha dominando o mundo.
Os mutantes, por outro lado, estão se tornando cada vez mais comuns. A tendência das crianças mutantes está aumentando, se é que existe alguma coisa. Há mais mutantes nascendo todos os dias (ou pelo menos todos os meses ou anos). Portanto, enquanto outros heróis podem não gostar, os mutantes alimentam o medo inerente aos seres humanos de serem substituídos ou superados por algo melhor que nós.
Voltando-se aos supervilões, eles geralmente trabalham como indivíduos ou pequenos grupos. A única coisa que os faz ocasionalmente se unir é um objetivo compartilhado específico, que geralmente é de natureza bastante temporária. Uma vez que eles vencem seus oponentes ou conseguem o que vieram, eles seguem caminhos separados. Além disso, quando os bandidos aparecem, é muito fácil dizer quem é mau e quem é bom - os mocinhos são os que tentam impedir os bandidos, e eles têm pouco ou nada em comum além de suas superpotências.
Os mutantes, por outro lado, são divididos em dois grupos, mocinhos e bandidos, mas para observadores externos, todos são apenas mutantes. Por qualquer motivo, as pessoas têm dificuldade em perceber qualquer diferença entre os dois lados. Uma grande parte dessa dinâmica é provavelmente a influência da mídia: como eu a entendo, a imprensa geralmente diz que "alguns mutantes destruíram metade da cidade" ou o que quer que seja, e não "os mutantes malignos alinhados com Magneto foram frustrados pelos X Men em suas vidas". tentativa de dominar a cidade ". As chances são de que, se a luta fosse entre Thor e Loki, a imprensa diria "Loki tentou dominar a cidade, mas Thor o deteve".
Todos esses fatores combinados nos dão a situação que você descreveu: as pessoas odeiam e temem os mutantes muito mais do que outros super-heróis.