Provavelmente o que você pagou é um "depósito", que nesse caso é o valor total da estadia.
Se você fizesse o check-in, eles deduziriam o depósito que você pagou do custo do quarto e, portanto, você acabaria não precisando pagar nada, pois já pagou pelo quarto.
Se você cancelar, ou se você não fizer o check-in, eles farão basicamente a mesma coisa - eles cobrarão a taxa de cancelamento, deduzirão isso do depósito e reembolsarão ou cobrarão qualquer diferença entre os dois (que neste caso, aparentemente, não seria nada).
Apesar de o quarto ter uma taxa de cancelamento, é sempre uma idéia ligar para o hotel e verificar se eles estão dispostos a fazer algo por você - talvez mude a estadia para uma data diferente que funcione melhor para você ou, possivelmente, dê um reembolso parcial. Na pior das hipóteses, eles dirão não e você não perdeu mais nada.