A descrição do feitiço Taumaturgia permite ao lançador escolher um dentre vários efeitos mágicos, um dos quais é:
You cause flames to flicker, brighten, dim, or change color for 1 minute.
Sendo que diz chamas (plural), isso afetaria todas as chamas dentro da faixa 30ft?
Como você aponta, o feitiço diz "chamas", não "uma chama", ou mesmo "chamas que você escolhe". Assim, por uma leitura rigorosa, todas as chamas dentro da área do feitiço (30 ft) adotariam qualquer efeito que você escolher para dar a elas.
Dito isto, eu teria e, como Mestre, permiti que os jogadores ajustassem com mais precisão esse efeito de feitiço em certas chamas e não a force a afetar todos eles por padrão. Isso não causou problemas e parece muito mais com o espírito do feitiço quando o li (dado que todos os efeitos de taumaturgia são muito vagamente escritos, aparentemente para permitir usos criativos, mas inofensivos).
De qualquer forma, claramente pode afetar as múltiplas chamas na área.