Eu acho que é mais fácil resolver isso, direcionando você para outra pergunta.
Por que Lord Gendry Baratheon, o Rejeitado lá?
Ele era um bastardo, então normalmente não é reconhecido como um herdeiro legítimo. Ele nem usaria o nome Baratheon normalmente. A única pessoa que o reconheceu como o legítimo detentor das Terras da Tempestade e lhe deu o nome de Baratheon, foi Daenerys.
Como tal, o take away parece ser:
Qualquer pessoa reconhecida ou nomeada como Senhor ou Senhora por Daenerys é legitimamente.
Certamente os Imaculados teriam interesse nisso, pois sua devoção fanática a Daenerys os faria querer que suas obras e proclamações fossem realizadas. Como observado por Varys, Gendry seria um vassalo leal graças ao ato, e não um passivo. Portanto, podemos estar seguros para assumir ainda mais:
Todos os atos e decretos políticos (não-guerra) feitos por Dany permanecem válidos.
Isso pode ter sido uma simples necessidade de negociar a reunião com Gray Worm e os Imaculados, que tinham Jon (e Tyrion) como prisioneiros.
Voltar para Sam
Nunca vemos Daenerys declarar especificamente que Sam agora é o Senhor e chefe de sua casa. Há algumas indicações de que ela presumiu isso. Depois de matar o pai e o irmão de Sam, a reação de todos parece ser que Sam agora é o herdeiro (masculino).
Além disso, quando Daenerys encontra Sam pela primeira vez e pergunta se há algo que ela possa fazer por ele, ele pede perdão. Ele apenas menciona especificamente o roubo dos livros e da espada. Não vemos Daenerys (ou qualquer outra pessoa) mencionar mais isso. Mas parece implícito na cena que tudo o que ele solicitou que estivesse ao seu alcance seria concedido (implicitamente imediatamente, se assim for). Sor Jorah a acompanhou neste encontro, para que outros soubessem. E ela pode ter simplesmente dado um perdão mais geral, ou outros (como Grey Worm, ouvindo falar em segunda mão) podem ter interpretado isso como tal.
O perdão em si foi destinado a recompensá-lo por suas principais contribuições para a Grande Guerra. Por mais que Jon diga a Arya que ninguém seriamente teria as pedras para dizer a ela que ela não é permitida no Muro, graças a quem matou o Rei da Noite, pode muito bem ser o caso de que a importante contribuição de Sam também seja bem conhecida. Tanto que ninguém teria realmente as pedras para tentar punir um homem tão importante para salvar todos os Westeros.
Como tal, parece plausível supor que:
Daenerys provavelmente perdoou Sam por seus crimes. E a opinião popular teria sido alta o suficiente para tornar politicamente imprudente puni-lo independentemente.
Na parte anterior, um perdão, mesmo implícito, de Dany pode ter sido considerado válido. Como tal, não havia mais nada a fazer. Mas mesmo que você não goste de esticar o que vimos tanto, temos indicações de que a segunda parte seria válida.
E como uma possibilidade adicional de backup, parece que a Patrulha da Noite, ou o que resta dela, não está muito interessada em impor rigidamente o juramento antigo de qualquer maneira. O final parece sugerir que eles deixaram Jon sair com o Free Folk para viver sem restrições, ao norte do Muro. Como tal, qualquer pessoa que contatou a Patrulha da Noite sobre se tinha um quebrador de juramento nas mãos que precisava ser devidamente punido, pode ter sido simplesmente informada de "não".
Realmente, a idéia geral aqui parece ser que todo mundo teve problemas maiores para lidar, e o juramento e o roubo de Sam eram triviais irrelevantes em comparação, e, como tal, devidamente ignorados enquanto lidavam com o peixe grande. Assim como ninguém evidentemente tentou contestar o senhorio de Gendry: havia problemas maiores para lidar e, se ele estava lidando com os problemas das Terras da Tempestade, e não com eles, melhor ainda.