(A maior parte desta resposta refere-se a miniaturas de papel que aparecem no mapa de batalha. Para obter informações sobre os tokens que estão no mapa de batalha, consulte o Adendo 2 abaixo.)
É difícil (e não é realmente necessário) que as miniaturas de papel tenham a mesma escala do mapa. Você pode abordar isso de muitas maneiras diferentes, mas a solução que você escolher deve basear-se no que lhe parecer melhor, porque não há realmente um corrigir maneira de fazer minis de papel.
Aqui estão algumas das minhas próprias ilustrações como exemplos: Um lubrificador de lagarto e seu companheiro lobo que escraviza.

Eles estão basicamente em escala um com o outro, certo? Claro que são.
A escala típica para mapas de batalha de mesa é de uma polegada a cinco pés de D&D. Supondo que é isso que você está fazendo, tratarei um quadrado no meu editor de imagens como "uma polegada quadrada" em termos de papel. Com a sua pergunta, tenho a impressão de que os minis que você criou têm a seguinte aparência:

A figura humanóide ocupa a maior parte da largura do quadrado e parece ótima, mas o lobo precisa ser espremido para se encaixar, e não parece ótimo.
Obviamente, se o povo lagarto tem cerca de 2,5 cm de largura e mais de 5 cm de altura, e consideramos que a figura deve estar em escala com o mapa ao redor, isso significa que ele mais de três metros de altura, o que não era o que eu tinha em mente. Para fazer com que esses tokens sejam (mais ou menos) proporcionais à grade de cinco pés, podemos fazer algo assim:

O povo-lagarto tem pouco mais de um centímetro de altura, o que significa que ele é "realmente" sobre o 5'9 ", e era isso que eu estava procurando. O lobo parece ter um metro e meio de comprimento e dois metros e meio de altura. Quando esses caras são colocados em um mapa de batalha, sua mesa parecerá uma masmorra real, com um verdadeiro lagarto e um lobo real, que foram reduzidos à escala 1 / 60. Isso pode ser exatamente o que você deseja!
... Mas, pelo meu dinheiro, os dois são pequenos demais. (Os quadrados nessas imagens provavelmente não são quadrados de uma polegada na tela, então olhe para uma régua para entender o que quero dizer.) Prefiro que meus minis artesanais sejam maiores, para que sejam mais visíveis e fáceis de entender (e assim meus jogadores podem admirar melhor meu talento artístico incomparável). Quando imprimi este lagarto recentemente, fiz com um pouco mais de dois centímetros de altura, como visto na imagem #2 acima - não me incomodou, nem a nenhum dos meus jogadores, que ele estava em grande escala fora de escala com o mapa de batalha ao redor. Esse tipo de abstração é totalmente permitido.
A "largura" do lobo ainda é um problema, no entanto. Se você imprimir na escala que escolhi para os lagartos, é definitivamente grande demais. Ele ocupa dois quadrados no mapa, o que um lobo de tamanho médio não deve fazer:

Se ficarmos com quadrados de uma polegada, será difícil determinar que espaço esse lobo está ocupando.
Aqui está um compromisso que eu gosto bastante:

O lobo está saindo um pouco do quadrado, mas é administrável. O povo lagarto é "tecnicamente" cerca de dois metros de altura, mas não me importo. O que é importante para mim é:
- Todos os minis são grandes o suficiente para ver e manipular sem dificuldade.
- É claro onde está cada criatura, possibilitando que todos na mesa joguem taticamente.
- Os personagens devem se adaptar, dando aos meus jogadores uma idéia clara de como as coisas devem ser grandes, mesmo que não estejam de acordo com o ambiente.
Adenda 1: Imprimindo miniaturas em pé
(Isso pode ir além do escopo da pergunta, mas espero que torne minha resposta mais clara.) Independentemente da escala que você escolher, você pode imprimir seus minis de várias maneiras diferentes. Aqui está como eu faço isso. No meu editor de imagens, juntei duas cópias da imagem, uma virou os graus 180 para que elas se encontrassem na cabeça (com um pouco de espaço no meio).

Certifico-me de que a grade é realmente um quadrado de uma polegada e imprimo-a em cartolina. A linha pontilhada indica como eu cortei o cara, deixando cerca de 3 / 4 "aos pés de cada lagarto.
Depois dobrei entre as cabeças, dobrei abaixo dos pés deles e colei os dois fundos, assim:

Você também pode dobrar as partes inferiores e colar as costas das duas imagens, criando uma forma ⊥. Se fizesse isso, provavelmente colaria um quadrado de papelão no fundo para torná-lo mais resistente.
Adenda 2: Tokens que ficam lisos
Eu não acho que nenhuma das soluções acima funcione se seus representantes de personagens permanecerem no mapa de batalha. Qualquer personagem que seja grande o suficiente para ver será muito grande para sua praça - e todo mundo parece estar deitado no chão da masmorra. Provavelmente é uma questão de preferência pessoal, mas não gosto da idéia!
O que eu faria é usar apenas os retratos dos personagens para tokens, talvez com algumas bordas. Talvez algo parecido com isto:

Eu poderia imprimi-las, colá-las em papelão e cortá-las muito rápido. Eles seriam fáceis de ver e manipular, e eu não precisaria me preocupar com escala. Eles viajariam bem também: eu poderia jogá-los em um saco de dados e não me preocupar em serem dobrados ou rasgados. (Além disso, eu só precisaria desenhar a cabeça dos personagens, o que me pouparia alguns minutos.)