Vala depois troca o cristal inerte pela ativação, pouco antes de o navio entrar no Supergate. Isso significa que a arma estava em contagem regressiva quando enviada para a galáxia Ori.
Pelo que entendi nos episódios anteriores, os Ori estão cientes do que está acontecendo em nossa galáxia apenas por meio de proxies (devido à (s) proteção (ões) dos Ancestrais)), então quando não há Prior a bordo e Aria é nocauteada antes de entrar no supergate (o que também significa que ela evita "cancelamento"), Ori não o impede. Além disso, eles têm um tempo bastante limitado para fazê-lo, pois a contagem regressiva estava bastante avançada na época do trânsito. O IIRC, mesmo em seu próprio território, eles meio que tentam seguir as regras (ou seja, nenhuma intervenção direta), de modo que é possível que não tivessem consciência disso.
De qualquer forma, a resposta é: não, a arma não destruiu os Antigos (bons) porque não estava ativa, apenas passou alegremente.