Não há explicação lógica que tenhamos conhecimento. Provavelmente é apenas uma semente da trama inserida pelos criadores da série (fora do universo).
In Universe
O próprio Sherlock não está realmente ciente, neste momento, do significado de Barba Vermelha (ele ainda acha que é um cachorro).
Parece improvável que Magnussen conheça Eurus neste momento, pois o nome dela não aparece na lista de pontos de pressão aplicáveis a Sherlock.
o que FAZ aparecer é o nome Jim Moriarty quem nós conhecer Esteve em contato com Eurus, por isso é concebível que Magnussen tenha obtido informações (mas não todas) dele.
PRESSURE POINT:
IRENE ADLER (SEE FILE)
JIM MORIARTY (SEE FILE)
REDBEARD (SEE FILE)
HOUNDS OF THE BASKERVILLE
OPIUM
JOHN WATSON