- spoilers de filmes por todo o texto--
Se você aceita os trabalhos originais de HR Giegers e seu comentário como cânone, sabemos pelo menos duas coisas sobre os engenheiros:
Como a maior parte do trabalho de HR Gieger, eles eram ou poderiam ser cyborgs ou misturas homem-máquina semelhantes. A cadeira piloto em que o engenheiro entra e é envolvida no final é uma réplica da cadeira piloto e piloto fossilizada do primeiro filme alienígena. A intenção de Giegers era representar um piloto que fosse seu papel de piloto a tal ponto que ele se fundisse com a máquina e deixasse de ser qualquer coisa, menos o piloto. 
Eles atribuíram um significado religioso ao monstro alienígena. Na foto abaixo de Gieger, a mulher ciborgue abrangente é uma referência ao retrato da deusa egípcia porca, que era a deusa do céu e deu à luz vários outros deuses. A imagem de Gieger mostra uma deusa enviando os ovos alienígenas do céu.
É então um pequeno salto imaginar que os engenheiros, já tendo uma relação simbiótica com suas máquinas e reverenciando os alienígenas, também estavam em alguma simbiose com os alienígenas. De fato, você percebeu como havia apenas engenheiros do sexo masculino?
Gieger originalmente jogou muito em alusões ao sexo. Ele foi o designer do primeiro filme de Alien e seu design original do ovo teve a parte superior dividida em uma única fenda, o que se tornou uma alusão comicamente óbvia a uma vagina. (*) O agressor força a vítima a garganta profunda em um óbvio estupro e, em seguida, a vítima, geralmente do sexo masculino, é forçada a fazer uma gestação e "dar à luz" o estrangeiro. Em resumo, o óvulo da vagina força a vítima a assumir o papel do sexo receptivo.
Imagine, aqui temos The Engineers, uma espécie que perdeu suas fêmeas e agora só se reproduz através de máquinas. (Muitos fetos ciborgues na arte de Gieger). Mas eles reverenciam como mística a antiga "mulher", que é simbolicamente oposta aos homens e às máquinas. (**) Em sua forma reverenciada, a "fêmea" do engenheiro é abstraída para dentro de um fluido pegajoso e escorrendo com vermes. Afinal, não fica mais biologicamente nojento do que isso e provavelmente horroriza as máquinas-engenheiro, como as representações do cadáver mutilado na cruz são destinadas a cristãos. Essa gosma dobra como tinta para suas pinturas místicas.
Um engenheiro devoto pode se voluntariar para "acasalar" com a gosma. Somente então um organismo biológico verdadeiro com seu próprio ciclo de vida aparece. Note que em Prometeu, o protagonista apenas cria um abraço, que deve infectar outro organismo antes que um alienígena ocorra. Os alienígenas põem os ovos e têm rainhas e zangões. A recriação dessa criatura totalmente biológica de dois sexos é vista como um ato sagrado por alguns engenheiros.
Podemos adivinhar um cisma no início da história religiosa dos engenheiros. Eles começam como na cena de abertura do filme, com a criação da vida biológica como ato sagrado. Então eles se dividiram em duas facções. Um com uma inclinação mecânica que adorava o monstro alienígena inspirado em máquinas e o enviava das estrelas para muitos destinos, aproveitando a vida semeada pela religião original. (Uma história em quadrinhos semi-canônica vincula uma extinção precoce da vida na Terra com alienígenas.) Depois, há uma facção com uma inclinação sapiente que recria a vida à sua própria imagem, incluindo os humanos. Em termos de tropas, sofrem da "Síndrome de Gepetto", que às vezes é usada no ridículo sobre homens que, incapazes de criar a própria vida, são obcecados por robótica ou vida artificial. Sendo um Gepetto, eles se apaixonam por sua própria criação, não podem encontrar falhas nele ou pensam que podem consertar suas falhas como você conserta uma máquina.
A razão pela qual os Engenheiros se voltaram contra nós é que fomos um fracasso aos olhos dos criadores de humanóides e eles criaram sua própria criação com raiva (acho que a hipótese dos personagens do filme) ou que os engenheiros de Prometeu pertencem à facção alienígena e consideram os humanos como sacrilégio cometido pela outra facção. Uma interpretação é que o engenheiro acordado no filme arranca a cabeça de David porque sua pergunta implica que o engenheiro seria um dos criadores de humanóides pagãos. Antes disso, o engenheiro sonolento espera que os humanos estejam lá como vasos dedicados e dispostos à "incubação" alienígena.
A nave Engineer é então uma pequena parte de uma gigantesca máquina de guerra religiosa onde os criadores de alienígenas procuram erradicar os trabalhos dos criadores de humanóides.
Então e a cabeça? Outros apontaram que a cabeça não está no próprio navio. A sala é uma igreja e eles adoram a "espécie-mãe" humanóide original que criou as máquinas e seus descendentes apenas masculinos. A cabeça é uma "mãe" (as máquinas de nota nascem na cabeça do inventor), mas é retratada como o rosto do homem com algumas linhas de tecnologia, porque os engenheiros perderam toda a lembrança de como suas fêmeas realmente pareciam.
Ridley Scott: Se você estiver lendo isso, trocarei o enredo por uma pintura de Gieger e um felpudo. :-)
(*) O design da vagina foi recusado pelos produtores, citando o público católico como uma razão. (Realmente acho que foi muito nojento, mas coloque-o de maneira agradável para o artista :-) Gieger mudou o design mantendo os lábios da fenda, mas transformando-a em uma cruz. Ele escreve que se divertiu bastante por ter escondido a vagina ao fundi-la com o símbolo sagrado dos puritanos para os quais a redesenhava.
(**) As mulheres como corpo base e os homens como espírito lógico são, infelizmente, um tema subjacente comum em muita arte, até hoje.
