Sim, do jeito que você fez, você acabou de perder essa experiência.

Ok, vamos começar com alguns antecedentes.

Os bônus de experiência acumulam?

Parece que não. Mas o que não empilhar é a sua bônus.

MAS...

RAW, parece que você pode colocar sua experiência duas vezes na mesma habilidade. Apenas não acumula o bônus (portanto, não há razão para fazê-lo). Vamos verificar porque digo que podemos fazê-lo:

De Rogue

At 1st level, choose two of your skill proficiencies, or one of your skill proficiencies and your proficiency with thieves’ tools. Your proficiency bonus is doubled for any ability check you make that uses either of the chosen proficiencies.

At 6th level, you can choose two more of your proficiencies (in skills or with thieves’ tools) to gain this benefit.

De Bard

At 3rd level, choose two of your skill proficiencies. Your proficiency bonus is doubled for any ability check you make that uses either of the chosen proficiencies.

At 10th level, you can choose another two skill proficiencies to gain this benefit.

Observe que nos níveis 1st Rogue e 3rd Bard, não há habilidades de "outro" ou "mais" ou "outras". Obviamente, porque até agora eles não estão considerando o Multiclassing (como é uma regra específica). Você esperaria ver alguns esclarecimentos sobre isso na seção Multiclasse, mas não há nenhum.

RAW, você pode obter experiência duas vezes na mesma habilidade, mas ela não se acumula.

So sim, você apenas "perde" esse conhecimento.

Comentário rápido sobre o Multiclassing que você fez

Observe que, se você seguir o caminho inverso da multiclasse, começando com o desonestos, terá as habilidades de habilidade 7 (4 de desonestos + 1 de bardo + 2 de BG) e ferramentas de ladrões, para que você possa realmente usar todas as suas experiências.

Outras soluções

Um ótimo comentário adicionado por Giuseppe adicionou mais algumas soluções:

• Você pode fazer uma corrida que conceda uma proficiência de habilidade, como elfos.
• Como você mencionou na sua pergunta, você pode obter uma proeza que concede uma proficiência de habilidade, como Skilled.
• Em vez de obter os níveis 10 no Rogue, já que você obtém o máximo de experiência no nível 6th, você pode usar a classe múltipla no Ranger, o que lhe daria uma Proficiência de Habilidade extra. Nota: Por PHB Ranger é a única classe em que você ainda pode obter mais Skill Profs.

TL; DR:

RAW, você perde o ponto de especialização 1. RAI, você provavelmente perde o ponto de especialização 1. Mas você ainda pode criar seu macaco de habilidade iniciando sua multiclasse com Rogue em vez de Bard. Ou você pode apenas conversar com seu mestre.

Nota lateral: conceito divertido que você chegou lá para chegar a essa pergunta.