Acho impossível dar uma resposta definitiva a essa pergunta.
A norma de controlo é o Código das Fronteiras Schengen, especificamente o artigo 5:
For the purposes of implementing paragraph 1, the date of entry shall be considered as the first day of stay on the territory of the Member States and the date of exit shall be considered as the last day of stay on the territory of the Member States. Periods of stay authorised under a residence permit or a long-stay visa shall not be taken into account in the calculation of the duration of stay on the territory of the Member States.
Eu não acho que isso responda de forma inequívoca à sua pergunta de uma forma ou de outra. Como todas as línguas têm o mesmo peso, também verifiquei as versões alemã e francesa do regulamento e elas são igualmente ambíguas.
A prova mais strong de que esta frase deve ser interpretada de uma forma específica seria uma decisão do EUCJ, mas, tanto quanto sei, nunca teve que decidir sobre esta questão em particular.
E, claro, sem carimbos de entrada ou saída nas fronteiras internas, a imposição seria quase impossível, mas essa é obviamente uma questão distinta.