In-Universe
Primeiro de tudo, Os agentes são muito bons em desviar de balas (ou encontrar escudos humanos). Portanto, mesmo que você tenha todo o poder de fogo exibido em "The Construct" (sala branca infinita), você pode usar no máximo duas armas de fogo a qualquer momento. As miniguns não são realmente portáteis pelos seres humanos (vemos uma acoplada a um helicóptero, mas você não pode carregá-la nem mirar). Então você teria que usar armas de fogo rápidas de estilo militar. Algo que realmente não impressiona os agentes.
Agora, quando se trata de tanques reais e veículos semelhantes a tanques. O que você faria? Os humanos geralmente se infiltram nas grandes cidades. O exército regular seria suficiente para impedir que um monte de tanques rolasse para uma área densamente povoada. Portanto, também não é uma opção.
Drones automáticos são tipicamente inteligentes (se operam em um ambiente de computador ou no "mundo real") e os humanos não têm realmente o conhecimento necessário para criar inteligência artificial (mais). Eles são refugiados e combatentes clandestinos, não cientistas. Além disso, a humanidade fez experiências ruins com inteligência artificial, de modo que o conselho (muito espiritual) não concederia prontamente pesquisas sobre esses drones avançados de guerra mesmo se eles tinham o know-how (mesmo remotamente), o que certamente não têm. Observe que toda a sua tecnologia vem de uma era anterior à guerra e eles mal conseguem mantê-la funcionando.
Editar
Além de ser realmente muito difícil derrubar um agente (veja acima), é totalmente fútil. Mesmo que você consiga matar um agente, você simplesmente matou seu hospedeiro humano (algo que os humanos livres não estariam particularmente propensos a fazer se não fossem realmente necessários). Eles podem recuperar instantaneamente qualquer civil próximo. As cidades tendem a ficar cheias delas. Você basicamente teria que acabar com uma cidade inteira. Não é uma operação muito secreta.
Fora do Universo
Essa é uma resposta do universo, mas o aspecto mais interessante são as implicações metafóricas e alegóricas. Os seres humanos devem ser mantidos em cativeiro pela tecnologia, tanto fisicamente (como as pessoas que vivem dentro da Matrix) quanto psicologicamente (como as pessoas que vivem em Sião). Isso é uma alusão à nossa própria dependência de tecnologia avançada para nossa sobrevivência e vida cotidiana. Não faria sentido para os humanos usar a tecnologia para lutar contra seus dependência de tecnologia.