Você precisa se livrar dessas bolhas ou seu manômetro ficará completamente impreciso. UMA Manômetro com tubo em U funciona equilibrando o peso e a pressão em ambos os lados do U. Se não houver diferença de pressão, o líquido se moverá até que os pesos sejam iguais, o que acontece quando os níveis são os mesmos (e, se você tiver a quantidade certa de líquido , será exibido "0" na balança). Se houver pressão de um lado, ele empurrará esse lado para baixo até que a diferença de peso equilibre a pressão.
Isso tudo sai pela janela quando você tem bolhas no tubo; as bolhas adicionam altura, mas não peso. Por exemplo, a imagem central mostra as partes superiores líquidas iguais, mas com essa grande bolha à direita, na verdade, significa que o peso no lado direito é menor, o que significa que há mais pressão à direita do que à esquerda.
Eu me livraria das bolhas e depois verificaria novamente.