O fone de ouvido representa uma conexão figurativa e, aparentemente, real entre os programas Agent e o mainframe Matrix. Você pode ver em vários pontos do filme, um agente receberá informações do fone direcionando-os para onde os humanos estão. Eles também provavelmente receberão pedidos da mesma maneira.
(Na programação do computador "real", o fone de ouvido pode ser implementado como um soquete ou um canal de mensagens, algo assim.)
Dentro do universo Matrix, é como os agentes podem parecer saber coisas que eles não podem saber, sem levantar as suspeitas dos humanos conectados. Quando um mendigo vê alguém escapar da Matrix através de um telefone, um agente se afasta imediatamente, porque a Matrix diz a ele em seu fone de ouvido.
De uma perspectiva abaixo da matriz, parece que o fone de ouvido is a única conexão direta que os agentes têm com seu programa de controle. Quando Smith remove seu fone de ouvido, ele está se desconectando da Matrix um pouco. Em parte, isso pode ser apenas para evitar distrações, mas também é simbólico - ele está cansado da Matrix e quer que ela desapareça, e ele está prestes a fazer algo que provavelmente é contrário às ordens dele. Então ele está se separando o máximo possível da Matrix.
Observe que, quando os outros agentes entram em busca de Smith durante a tentativa de resgate, um deles observa que seu fone de ouvido está fora e observa que Smith não sabe que Neo e Trinity estão tentando resgatar Morfeu. Sem o fone de ouvido, Smith não estava mais recebendo informações sobre os humanos, mesmo que ele devesse ter sido alertado imediatamente. Isso se encaixa no princípio geral de que os programas Matrix são escritos para serem o mais realista possível, mesmo quando parecer contraproducente, porque manter a ilusão intacta é supremo. O arquiteto parece disposto a até criar falhas em seu programa para evitar quebrar a ilusão.