Existem algumas razões pelas quais a APU está localizada na cauda da maioria das aeronaves modernas.
Como mencionado anteriormente, o espaço na cauda é normalmente não utilizado. Além da hidráulica e das superfícies de controle, não há muito uso para o espaço. A maioria das aeronaves não possui outros espaços assim. Locais alternativos como a raiz da asa são geralmente usados para tanques de combustível, trem de pouso, pacotes de ar-condicionado e outros sistemas. Essa área também fica fora do vaso de pressão, o que reduz o número de dutos e outros que precisam passar pela parede do vaso de pressão.
Outro benefício importante é a proteção contra incêndio. Ter a APU na cauda o coloca o mais longe possível da cabine e dos tanques de combustível, e ficar fora do vaso de pressão facilita o isolamento dessas áreas.
A saída do escapamento da cauda evita que ela interfira com outras partes do avião.
Não a ter ao lado de qualquer outra coisa também facilita o acesso para manutenção, geralmente através de portas na parte inferior da cauda.
As desvantagens de ter a APU na cauda incluem a necessidade de executar dutos de sangria, linhas de combustível e fiação da fonte de alimentação até lá. Além disso, o sistema hidráulico e os controles na cauda devem ser protegidos em caso de problema com a APU.