A menos que realmente vejamos esse evento retratado em um filme futuro, ou os diretores decidam oferecer uma explicação oficial, não podemos ter certeza.
Mas lembre-se de que o Capitão América retorna no momento exato em que as pedras são removidas. Professor Hulk descreve como significando que, cronologicamente, a pedra nunca sai. Então, quando ele chega, a pedra nunca deixou Vormir. Portanto, a condição para o lançamento do Red Skull pode nunca ter sido alcançada: a pedra se moveu um pouco, nada mais.
Alguns interpretam a explicação do professor Hulk (de quem, a propósito, você não deve confiar inteiramente para saber do que ele está falando; é Tony que descobriu como viajar no tempo corretamente, não Hulk / Banner) como significando que, se colocado corretamente, haverá nenhuma linha do tempo alternativa criada, apesar das perturbações evidentes e óbvias: a realidade as coloca de volta uma à outra, de alguma forma, ou a aparente "linha do tempo alternativa" existe apenas para servir aos propósitos do assalto ao tempo e depois deixa de continuar independentemente depois que as pedras são substituído.
Como alternativa, nos quadrinhos há um certo sentido em que as Pedras do Infinito têm sua própria vontade e a capacidade de encená-la, mesmo que sutilmente. Se o mesmo vale para o MCU - e o tesserato especificamente levar a Caveira Vermelha para servir como guardião da Pedra da Alma, bem como a Caveira Vermelha atribuindo uma "certa sabedoria" à pedra da alma em particular, sugere fortemente que sim, e que as pedras trabalham juntas -, então a (s) pedra (s) pode (s) ter condicionado especificamente a liberação do Red Skull não em um "alguém pega a pedra" genérico, mas em "alguém em particular com um objetivo em particular que provavelmente alcançarão a pedra" condição. Ou, menos opaca, era especificamente condicionada a Thanos adquirir a pedra com o propósito expresso de matar metade do universo. Ou, talvez mais facilmente, a pedra em seu retorno simplesmente não libera a Caveira Vermelha porque sabe que seu objetivo não foi realmente cumprido.
Além disso, a pedra poderia simplesmente retornar aonde quer que ela seja naquele momento. Como você supôs que chegou lá em primeiro lugar?