Eu recomendaria primeiro o uso de alvejante e removedor de manchas em uma pequena área de superfície. O alvejante de cloro deve estar ok e removerá a cor da madeira, mas não a cor natural da madeira (exatamente o que você quer). Em qualquer um dos casos, você provavelmente precisará de uma boa quantidade de lixamento.
Compare os resultados para ver como as coisas estão. Por favor poste aqui também, adoraria ver a diferença.
Em relação à ventilação do porão, abra as janelas que você tem no porão ou perto dele e corra os ventiladores.