Sim, o ataque é feito em desvantagem; a única diferença é o que acontece com o balão

Conforme indicado em sua citação, independentemente de você espirrar o conteúdo do balão em uma criatura que esteja a um pé de 5 ou jogá-lo em uma criatura a uma altura de 20, você faz um ataque à distância.

A regra sobre fazendo um ataque à distância com um inimigo a um metro de distância de você diz:

Aiming a ranged attack is more difficult when a foe is next to you. When you make a ranged attack with a weapon, a spell, or some other means, you have disadvantage on the attack roll if you are within 5 feet of a hostile creature who can see you and who isn't incapacitated.

(Um dos benefícios do Crossbow Expert A façanha (PHB, p. 165) é eliminar essa desvantagem.)

A única razão aparente pelos quais os dois métodos para fazer esse ataque à distância são mencionados separadamente é o que acontece com o balão quando você faz o ataque. Se você derramar o conteúdo do balão em uma criatura 5, o balão permanecerá intacto e na sua mão; somente seu conteúdo (água benta ou óleo) é derramado sobre a criatura. Por outro lado, se você atirar o frasco na criatura, ela se despedaça com o impacto e não pode ser recuperada, fazendo com que seu conteúdo respingue contra o alvo, se atingir.

As Resposta de Akixkisu notas, oleo também pode ser derramado diretamente no chão e aceso dessa maneira:

You can also pour a flask of oil on the ground to cover a 5-foot-square area, provided that the surface is level. If lit, the oil burns for 2 rounds and deals 5 fire damage to any creature that enters the area or ends its turn in the area.

E água benta também pode ser derramada no chão diretamente para purificar solo profanado (DMG, p. 110):

A vial of holy water purifies a 10-foot-square area of desecrated ground when sprinkled on it, and a hallow spell purifies desecrated ground within its area.

Nenhum destes é um ataque, e eles não envolvem jogadas. Na ausência de algo que especifique se eles executam uma ação, isso provavelmente pode ser feito com uma interação livre de objeto ou com a ação Usar um Objeto, se ela já tiver sido usada.

O ataque geralmente é feito em desvantagem, porque é um ataque à distância em combate corpo a corpo, e você pode optar por borrifar a água benta no chão em vez de atacar.

Independentemente de como você ataca, jogando o líquido ou o frasco, você faz um ataque à distância.

In either case, make a ranged attack

Ataque à distância em combate corpo a corpo, PHB 195 (ênfase minha):

Aiming a ranged attack is more difficult when a foe is next to you. When you make a ranged attack with a weapon, a spell, or some other means, you have disadvantage on the attack roll if you are within 5 feet of a hostile creature who can see you and who isn't incapacitated.

Existe também a possibilidade de derramar o balão no chão, comparar os efeitos de um balão de óleo com as regras do solo profanado:

You can also pour a flask of oil on the ground to cover a 5-foot-square area, provided that the surface is level.

Solo Profanado, DMG 110:

A vial of holy water purifies a 10-foot-square area of desecrated ground when sprinkled on it, and a hallow spell purifies desecrated ground within its area.

Se você fizer um ataque à distância a um metro de distância de você, você espirra o conteúdo do balão. O frasco permanece intacto. Se você fizer um ataque à distância, jogando até os pés 5, o balão se despedaça com o impacto. Se você derramar o frasco no chão, não efetuou um ataque, e o frasco permanece intacto.