Nota técnica: Os nacionais do país B são não emitiu um visto de um dia 90 ao entrar no espaço Schengen; ao contrário, eles podem entrar sem visto. Isso significa que o país B é um país "Anexo II". Quando você sai do espaço Schengen com seu passaporte do Anexo II, o guarda de fronteira provavelmente notará a falta de um carimbo de entrada e considerará se deve aplicar uma multa ou outra punição por causa de uma possível estada em excesso. Nesse ponto, é claro que você mencionará que é um cidadão da UE.
A diretiva livre circulação, 2004 / 38 / CE, prevê no artigo 5 (4) que um cidadão da UE que não possua passaporte ou carteira de identidade e que deseje entrar no território de um Estado-Membro deverá ter
every reasonable opportunity to ... corroborate or prove by other means that they are covered by the right of free movement and residence.
O Freizügigkeitsbescheinigung e os registros que mostram que você solicitou um passaporte de substituição provavelmente devem ser suficientes nesse sentido.
Isso cobre seu retorno ao espaço Schengen. É lógico que, se você tentar partir sem esse documento, deverá ter a mesma oportunidade de mostrar por outros meios que é cidadão da UE, evitando qualquer multa que possa ser imposta por sair com um passaporte do Anexo II que tenha sem carimbo de entrada.
Dito tudo isso, eu não ficaria surpreso se alguns países ou alguns guardas individuais fossem mais difíceis em tal situação e tentaria evitá-lo, se possível. Se não puder, esteja preparado para a possibilidade de passar vários minutos ou até horas limpando os controles de imigração, especialmente se o seu porto de saída ou entrada não estiver na Alemanha (onde presumivelmente eles podem procurar seu Freizügigkeitsbescheinigung em um banco de dados).
Você também escreve:
I also happen to have a valid ID of country A which is not a passport as well as a photocopy of my lost document (but I suppose neither will be of help at the border).
Na verdade, uma identificação nacional é tudo o que você precisa para entrar e sair da área de Schengen. Um ID nacional é um ID que foi emitido pelo seu país de cidadania com o objetivo de identificá-lo como cidadão. Artigo 4:
- Without prejudice to the provisions on travel documents applicable to national border controls, all Union citizens with a valid identity card or passport and their family members who are not nationals of a Member State and who hold a valid passport shall have the right to leave the territory of a Member State to travel to another Member State.
Nota "bilhete de identidade ou passaporte".
Novamente, o Artigo 5:
- Without prejudice to the provisions on travel documents applicable to national border controls, Member States shall grant Union citizens leave to enter their territory with a valid identity card or passport....
Novamente, observe "bilhete de identidade ou passaporte".
A fotocópia do seu documento perdido ajudará se o seu ID não for um "ID nacional" e você precisar recorrer aos meios de prova alternativos descritos na primeira parte desta resposta.