Como os dragões sabem exatamente quem / o que queimar?

Sim, existe uma ligação sobrenatural entre dragões e seus mestres:

• [..] dragons appear to have some sort of higher, unnatural level of intelligence; they seem to be more in tune with "magic" (or "fate" or "nature") than humans are, and possess a sense of mental awareness that humans do not. Somehow, they are often able to sense when the human rider they are bonded with needs them.

  They can form very strong bonds with their riders and will show affection and trust towards them. They will even nuzzle their riders, hoping to be petted.

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  Dragons are intelligent, more intelligent than men according to some Maesters. They have affection for their friends and fury for their enemies.

  ^{Tyrion Lannister, s06e02}

  Essa "consciência mental" poderia facilmente explicar a sensibilidade com que os dragões seguem as ordens e discernir os amigos dos inimigos.

Os dragões são capazes de entender ordens básicas.

• They can understand voice commands from humans, [but] no more than what a dog or a horse can do.

  Dragons are intelligent animals, and like a horse or a dog, they can be trained by their rider to respond to basic voice commands.

  Daenerys Targaryen has trained her three dragons to respond to vocal commands in her mother tongue of High Valyrian. She often uses the command "Dracarys", to which her dragons respond by instantly breathing fire and burning anything in their path.

  Isso parece funcionar como treinar um cão para 'procurar', por exemplo.

  E como um cão pode aprender a agarrar membros, mas não morder, os dragões saberão instintivamente quanto poder de fogo é necessário para atingir um determinado objetivo. Como uma habilidade inata, posso imaginá-los tendo tanto controle sobre a formação do fogo na boca, que podem controlar o fluxo, quantidade, direção, padrão etc.

Como uma observação lateral, há claras limitações ao controle que os seres humanos têm sobre os dragões, e eles manterão sua própria vontade e inteligência.

• Since they cannot be truly tamed, dragons can be very dangerous even to their riders.

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  They're dragons, Khaleesi. They can't be tamed...not even by their mother.

  ^{Jorah Mormont, s04e01}

  Essa autonomia é ampliada em tempos de falta de comida, por exemplo:

  The key to training dragons is making sure they are well fed, a dragon with a full stomach is more obedient.

  Sugere-se que foi por isso que Daenerys ensinou a seus dragões o comando 'Dracarys' em primeiro lugar:

  Daenerys tries unsuccessfully to feed her dragons raw meat, unsure of what she is doing wrong. Later, in Qarth, she realizes that they will only eat cooked meat. She coaxes them into recognizing the Valyrian command, "Dracarys," to breathe fire, so they can cook their own food.

^{Para minha pesquisa sobre esse assunto, recorri fortemente a Maester Fandom's Pergaminhos da Serpente.}