Booking.com usa o Modelo de agência, isso significa que o site é um local em que os hotéis listam suas ofertas e o booking.com recebe uma comissão por cada reserva feita pelo site.
Por outro lado, a Agoda utiliza o Modelo de comerciante além do modelo da agência, o que significa que, em alguns casos, eles compram diretamente os quartos dos hotéis diretamente (a granel) e os oferecem a um preço competitivo. Eu acho que eles fazem muito isso com hotéis asiáticos.
É por isso às vezes Agoda é mais barato, exceto que é apenas um efeito psicológico, porque mostra preços por noite e impostos exclusivos, o que dá a impressão de que seus preços são menores.
Mais uma coisa, a Booking Holdings (a empresa proprietária da Booking.com e da Agoda) está fazendo um ótimo trabalho, eles estão fazendo um truque de negócios em que as pessoas pensam que os dois sites são grandes players que estão competindo entre si, para que os clientes pensem que deve escolher entre um deles, o que quer que os clientes escolham a empresa ganha dinheiro. Isso é chamado de "autocompetição" no mundo dos negócios. Também é chamado de "The Illusion of Choice" (obrigado a @RyanfaeScotland por apontar isso).