Todos são verificados ao entrar no espaço Schengen de fora do espaço Schengen e ao sair do espaço Schengen para fora do espaço Schengen. Isso é verdade mesmo que o outro país envolvido seja um país da UE, como a Irlanda ou a Bulgária.
Os cidadãos da UE estão sujeitos a cheques reduzidos, mas mesmo assim são verificados. Os quiosques automatizados realizam essas verificações em alguns lugares, mas de maneira alguma em todos.
Por outro lado, ao viajar de um país Schengen para outro, não há sistemático Verificações. Pode haver verificação no local, mas ninguém recebe um carimbo de entrada ou saída, e é perfeitamente normal voar de um aeroporto de Schengen para outro sem ver nenhum funcionário do governo de qualquer tipo.
Um sistema como você parece imaginar que não poderia existir, em que alguns viajantes devem ter seus passaportes verificados e outros não. Nesse sistema, como seria possível impedir que os viajantes que deveriam ser verificados passassem com os que não foram verificados?
Os aeroportos de Schengen são normalmente configurados para que parte do aeroporto seja designada para vôos internos e parte para vôos externos. Essas partes do aeroporto são separadas por pontos de controle de imigração onde os passaportes são verificados. A parte do aeroporto para vôos internos é separada da parte externa por apenas um ponto de verificação de segurança, enquanto a parte dos vôos externos é separada da parte externa pela segurança e pela imigração. (Alguns passageiros que chegam também são submetidos a triagem de segurança, dependendo do aeroporto de onde estão chegando.)
Portanto, quando um avião chega à área de Schengen da Irlanda ou de Marrocos, todos os passageiros que se transferem para um voo de Schengen ou que saem do aeroporto devem passar primeiro pelo controle de passaporte. Quando um voo chega de outro aeroporto de Schengen, nenhum passageiro que se transfere para um voo de Schengen ou sai do aeroporto passa pelo controle de passaporte.
No controle de passaportes, existem faixas separadas para pessoas portadoras de passaporte da UE, EEE ou Suíça. Os quiosques normalmente estarão lá, se houver quiosques, além de algumas mesas para pessoas que não podem usar os quiosques por algum motivo. As outras faixas estão marcadas com "Todos os passaportes"; qualquer um pode usá-los.
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are there lanes of intra-EU travelers as well, no matter what passport is hold by them?
Não: para viajantes intra-Schengen, o controle de passaportes é evitado ao fazer com que esses voos usem a parte do aeroporto que não é isolada pelos pontos de controle de passaportes. Como eles não estão passando por um ponto de controle, não há necessidade de uma faixa especial. (Para viagens entre o espaço Schengen e países da UE não Schengen, todo mundo passa para o controle normal de passaporte de acordo com o passaporte que está usando, porque a viagem não está dentro de uma área unificada de controle de imigração.)