Sim, importa em qual embaixada / consulado você se aplica. A regra principal a ter em conta em casos como esse é que você devo aplicar ao país que é o principal destino da sua viagem.
Se esse país não tem uma representação em uma determinada parte do mundo, eles pode ter optado por ser gentil com as pessoas que vivem naquela parte do mundo e fez um acordo com outro país de que sua representação pode lidar com certos casos (um pedido de visto geralmente é incluído) para eles. Mas não é sua decisão, mas a do país que você deseja visitar.
No seu caso, eu entraria em contato com uma das embaixadas da Suécia e perguntaria se eles têm um acordo com a Alemanha ou qualquer outro país Schengen que tenha uma representação mais próxima de você, mas não vá se candidatar ao consulado alemão apenas porque lhe apetecer, eles devem apenas rejeitar sua inscrição por ter sido enviada para o lugar errado, mas você está perdendo seu próprio tempo (e o tempo deles).