Deixe-me citar o Página Memória Alfa nos transportadores, ênfase minha:
Disabling active weapons
By the 24th century, the transporter had the capability to disable any active weapon during transport. This could be accomplished by removing the discharged energy from the transporter signal, or by "deactivating" the weapon itself. The transporter system included weapons deactivation subroutines to control the process. (TNG: "The Most Toys", "The Hunted", "Rascals")
The transporter was also capable of removing weapons entirely during transport, a setting referred to by Starfleet as "Transport Protocol Five". When the Defiant beamed aboard survivors from a damaged Jem'Hadar ship, the transporter was programmed to remove the crew's disruptors and other weapons. (DS9: "To the Death")
Portanto, sim, os transportadores da federação da era TNG têm a capacidade de desativar armas. Parece que essa capacidade deve ser ativada explicitamente (e também funciona com armas Ferengi); deixe-me citar o trama do episódio "Rascals" do TNG:
[...] they start using combadges to beam the Ferengi behind the force field on the transporter pad and the weapons deactivation program to disable their sidearms.
O bit relevante do roteiro para esse episódio é ...
83 INT. SALA ESCOLAR (ÓPTICA) JOVEM [...] PICARD O programa de desativação de armas está em vigor ... Campo de segurança do transportador aguardando ... Estamos prontos. [...] 84AB FERENGI #1 (ÓPTICO) Olha surpreso para o brinquedo ... então ele DEMATERIALIZA repentinamente. Uma batida e depois ele REMATERIALIZA no palco do Transportador. Ferengi #1 fica atordoado por um momento ... depois tenta sair do palco, mas entra em um campo de força. Ele fica chocado e puxa a arma, mas não funciona.
... e você pode ver a interface LCARS que eles usaram naquele episódio para ativar a "sub-rotina de desativação de armas" em esta captura de tela:
E quanto ao "protocolo cinco", deixe-me citar o roteiro do episódio DS9 "To The Death":
13 INT. DEFIANT - TRANSPORTER BAY [...] As luzes brilham. Sisko se vira para o chefe do transportador. Protocolo SISKO Transporter cinco. Se empenhar. O chefe obedece e seis [...] Jem'Hadar, liderados pela FIRST OMET'IKLAN, e um único Vorta (WEYOUN) MATERIALIZAM-SE na plataforma do transportador. As mãos dos Jem'Hadars estão vazias, mas posicionadas como se estivessem carregando armas. (De fato, podemos ver pequenos cintilantes pairando onde as armas estavam por um instante e depois se dissipar.) Weyoun está carregando uma caixa de metal trancada. [...] SISKO Se você está procurando suas armas, elas foram removidas no transporte.
Por que o protocolo cinco do transportador remove as armas completamente quando a sub-rotina de desativação é suficiente? Eu não faço ideia. Isso afeta também armas brancas (por exemplo, lâminas)? Eu também não tenho ideia. De qualquer forma, os transportadores da federação na era TNG têm a capacidade de detectar armas e desativá-las ou removê-las.
Observe também que o Enterprise-D foi lançado no ano 2363 (estrela 40759.5), o USS Defiant foi lançado no ano 2370 (estrela 47538.5) e o USS Voyager foi lançado no ano 2371 (stardate 48038.5); podemos assumir com segurança que toda a tecnologia disponível para o Enterprise-D e o Defiant estava disponível para o Voyager, incluindo os protocolos de segurança do transportador.