Não existe uma explicação precisa da capacidade quase sobrenatural de Yuri de seguir a aventura de Henry Brogan.
Como você mencionou, o chip de rastreamento não teria ajudado Yuri a assistir a fuga de Henry. Isso significa que ele teve acesso direto às câmeras da equipe de ataque da DEA ou observou a casa de Henry Brogan por diferentes meios. A última solução, de alguma forma, parece mais improvável: Henry foi descrito como particularmente cauteloso com a segurança, e os numerosos alarmes e sistemas de segurança de seu domínio provavelmente teriam detectado um espião instalando câmeras escondidas em volta da propriedade.
O próximo parágrafo é apenas um palpite: Yuri tinha um interesse pessoal em Brogan desde o início, como ele voluntariamente admite. Ele obteve fundos e recursos oficiais para espionar Brogan tanto quando o cientista russo (Dormov) desertou para Gêmeos para trabalhar no programa de clones quanto quando os serviços secretos russos decidiram usar Henry Brogan como proxy para aniquilar as operações de Gêmeos. A menos que Yuri tenha contatos secretos dentro da DEA, o SVR (uma organização russa do mundo real do tipo KGB) provavelmente invadiu a DEA em algum momento para seguir a equipe de greve usando esses fundos e recursos. Ou algo parecido.
Sabemos que os serviços secretos russos pretendem usar Henry Brogan como proxy, graças à seguinte linha (presente no filme e na novelização oficial):
"That is what we are doing [taking out Gemini's facility] -- except you are the missile ! Good luck !"
Como mencionado em outro comentário, essa linha indireta de Yuri provavelmente deveria evocar a capacidade estranha dos governos e dos serviços secretos de ficção de espionar alvos com a eficiência conveniente da trama. Os roteiristas / diretores provavelmente não se deram muita atenção às implicações reais, já que Yuri e os russos abandonam o filme naquele momento.