Suspeito que Tolkien estivesse simplesmente aplicando a aversão do nosso universo pelo número treze ao seu universo fictício.
Contudo, As Cartas de JRR Tolkien dê alguns exemplos de treze anos menos do que auspiciosos. Como ambos ocorrem antes do que O Hobbit, Acho que elas podem ser consideradas explicações no universo.
Quando Aulë cria secretamente os primeiros anões, ele cria treze antes de Ilúvatar o parar.
Aulë, for instance, one of the Great, in a sense 'fell'; for he so desired to see the Children, that he became impatient and tried to anticipate the will of the Creator. Being the greatest of all craftsmen he tried to make children according to his imperfect knowledge of their kind. When he had made thirteen, God spoke to him in anger, but not without pity : for Aulë had done this thing not out of evil desire to have slaves and subjects of his own, but out of impatient love, desiring children to talk to and teach, sharing with them the praise of Ilúvatar and his great love of the materials of which the world is made.
The Letters of JRR Tolkien Letter 212
Ar-Pharazôn, o rei de Númenor que se rebelou e atacou Valinor, resultando na destruição de Númenor, era originalmente o décimo terceiro rei.
Tar-Calion (the Quenya name for Ar-Pharazôn) was originally the thirteenth ruler of Numenor; in later developments of the history of Númenor he became the twenty-fifth.
The Letters of JRR Tolkien Note 131
Entendo que essas são conexões um tanto tênues. No entanto, suspeito que, se tivéssemos perguntado a Tolkien por que o número treze era considerado azarado na Terra-média, ele teria usado lógica semelhante para encontrar uma resposta.