Você está certo, um arco mágico não fará as flechas dispararem em itens mágicos. Em nenhum lugar na descrição da magia ou em passagens sobre armas mágicas podemos encontrar algo assim. Mas mesmo que fosse , isso não interferiria com o swift quiver :
You transmute your quiver so it produces an endless supply of nonmagical ammunition, [..] you can use a bonus action to make two attacks with a weapon that uses ammunition from the quiver. (PHB 280)
Você pode usar um arco mágico com munição não-mágica sem problema. As flechas (ou setas) produzidas pelo feitiço funcionarão com um arco mágico (no entanto, ele foi feito mágico) e receberão qualquer bônus concedido pela arma.
Nota : Ambos os feitiços requerem concentração, então você precisará de alguém para conjurar (e manter) um dos feitiços.