A regra não é clara, portanto cabe ao DM e à tabela
A descrição da regra em si afirma duas coisas potencialmente conflitantes (ênfase minha):
This optional rule replaces a character’s proficiency bonus with a proficiency die, adding more randomness to the game and making proficiency a less reliable indicator of mastery.
e
Instead of adding a proficiency bonus to an ability check, an attack roll, or saving throw, the character's player rolls a die.
A primeira citação sugere que é uma substituição por atacado do bônus de proficiência por um dado, mas a segunda citação fala apenas de verificações de habilidade, ataques e testes de resistência.
Então, o que está correto?
Não está claro sem uma errata porque cada frase parece indicar algo diferente. Se a frase 2nd é ou não "mais específica" não está clara. Talvez eles estejam apenas chamando especificamente os momentos em que você geralmente rola, para não esquecer - mas parece um descuido não discutir como lidar com a DC.
Mas é isso que é - é uma supervisão de uma regra específica.
Isso geralmente deixa a mesa em aberto, mas minha mesa usou o dado de proficiência na definição de nossos CDs.
CD e proficiência morrem na prática
Honestamente, minhas tabelas nem perceberam que não pareciam especificar o DC. Estamos usando o dado de proficiência em minhas mesas há mais de anos 6 e adoramos. A não garantia e a oscilação (e o rolo extra de matriz) são algo de que gostamos muito. Nunca fica claro até que ponto sua proficiência vai funcionar e gostamos dos resultados do jogo e da mesa disso.
Usá-lo para definir DCs foi bom. Enquanto os tempos em que rolamos um 1 são realmente ruins, os tempos em que rolamos no máximo num dado o compensam. E a idéia de "Só porque você é proficiente não significa que você faz o mesmo toda vez" geralmente faz sentido para nós.