Você pode substituir uma característica racial que pode tropeçar ao subir de nível?

Não, por duas razões diferentes.

A maioria das classes não pode substituir cantrips. Até feiticeiros e feiticeiros só podem substituir feitiços de nível para os quais eles têm slots de feitiço, que exclui Cantrips, pois você não possui slots de nível 0.

Mas mesmo que você possa substituir cantrips, como o Artífice dos Arcanos Desenterrados, você ainda não pode substituir cantrips raciais, porque sua habilidade de classe não permite isso.

O recurso da classe warlock diz, como você citou:

choose one of the warlock spells you know

Cantrips que você ganhou com sua raça não são feitiços de feiticeiro.

Da mesma forma, a habilidade do Artífice diz:

you can replace one of the artificer cantrips you know

Novamente, feitiços raciais não são feitiços artificiais.

Primeiro de tudo, a maioria das classes não pode substituir cantrips, e se o fizessem, o fariam especificamente.

No entanto, acho que você está ficando um pouco confuso. Eu não acho que a pergunta aqui deva ser se você pode substituir cantrips, mas se você pode substituir esse cantrip específico. Como a armadilha é concedida a você por sua característica racial, não é considerada uma armadilha bruxa que você não pode substituí-la ou alterá-la sem a aprovação do Mestre ou com o Mestre lhe dizendo. Não se diz especificamente que isso seja verdade, mas se você olhar para a descrição oficial da habilidade (consulte PHB, pág. 43):

Infernal Legacy. You know the thaumaturgy cantrip. Once you reach 3rd level, you can cast the hellish rebuke spell once per day as a 2nd-levei spell. Once you reach 5th level, you can also cast the darkness spell once per day. Charisma is your spellcasting ability for these spells

Nunca diz que o (s) feitiço (s) pertencem a qualquer classe, mesmo que normalmente o façam. Adicione ao fato de que os feitiços que você aprende mais tarde com essa habilidade têm restrições de uso, parece que esses feitiços não podem ser substituídos (a menos que o Mestre diga ou faça você) sem alterar sua raça (o que também exigiria o Mestre) aprovação). Espero que isso tenha esclarecido isso!