Sabemos que Darth Sidious queria Padme morto por sua oposição à Lei de Criação Militar o que permitiria a criação de um exército para combater os separatistas da República. Isso permitiria que Sidious iniciasse uma guerra que ele poderia usar para ganhar ainda mais poder. Como Sidious estava manipulando os separatistas e a República, ele estava em posição de recompensar a cabeça de Padme pelos separatistas.
Como você apontou, não era do interesse dos separatistas assassinar Padme devido à sua oposição à Lei da Criação Militar. Mas o vice-rei da Federação do Comércio, Nute Gunray, mantinha um forte rancor pessoal contra Padme pelo fracasso do bloqueio de Naboo. Sidious, sem dúvida, inflamava esse rancor e encorajava Gunray a se vingar de Padme. O rancor de Gunray era tão poderoso que ele exigiu a morte de Padme como condição para a secessão da Federação do Comércio da República.; em Ataque dos Clones Obi-Wan viaja para Geonosis e ouve uma conversa entre os líderes separatistas:
Count Dooku: We must persuade the Commerce Guild and the Corporate Alliance to sign the treaty.
Nute Gunray: What about the senator from Naboo? Is she dead yet? I am not signing your treaty until I have her head on my desk.
Count Dooku: I am a man of my word, Viceroy.
Baseado nessa conversa, Dookan contratou Jango Fett para matar Padme, mas Sidious conseguiu ordenar o golpe através de Nute Gunray (a essa altura, Fett e seu colega Zam Wesell haviam tentado matar Padme em Coruscant duas vezes, mas falharam).
A conversa também explica por que os outros separatistas apoiaram o assassinato de Padme: eles se beneficiariam consideravelmente com a adição dos exércitos dróides da Federação do Comércio. Os separatistas não estavam cientes do exército de clones na época, então a adição dos exércitos dróides da Federação do Comércio parecia mais importante do que impedir a aprovação da Lei de Criação Militar - os separatistas achavam que a República teria que criar um novo exército (o que levar um tempo considerável).
Mais tarde, Padme é capturado junto com Anakin e Obi-Wan em Geonosis e condenado à execução. A essa altura, a motivação dos Separatistas para matar Padme não se devia simplesmente ao rancor pessoal de Gunray contra ela - então eles também a queriam morta porque ela sabia sobre as fábricas de dróides de Geonosis.