O Ministério não parecia saber sobre as Marcas Negras.

Ao tentar provar a Fudge que o Lorde das Trevas realmente havia retornado, Snape mostrou a ele sua Marca Negra - e também explicou o que era e o que significava. Para Snape pensar que essa explicação era necessária, isso implica que Fudge, o Ministro da Magia, não saberia sobre eles sem que fosse explicado primeiro.

“Snape strode forwards, past Dumbledore, pulling up the left sleeve of his robes as he went. He stuck out his forearm, and showed it to Fudge, who recoiled.

‘There,’ said Snape harshly. ‘There. The Dark Mark. It is not as clear as it was, an hour or so ago, when it burnt black, but you can still see it. Every Death Eater had the sign burnt into him by the Dark Lord. It was a means of distinguishing each other, and his means of summoning us to him. When he touched the Mark of any Death Eater, we were to Disapparate, and Apparate, instantly, at his side. This Mark has been growing clearer all year. Karkaroff’s, too. Why do you think Karkaroff fled tonight? We both felt the Mark burn. We both knew he had returned. Karkaroff fears the Dark Lord’s vengeance. He betrayed too many of his fellow Death Eaters to be sure of a welcome back into the fold.’

Fudge stepped back from Snape, too. He was shaking his head. He did not seem to have taken in a word Snape had said.”
_{^{- Harry Potter and the Goblet of Fire, Chapter 36 (The Parting of the Ways)}}

Também é provável que os Comensais da Morte tenham tentado manter o segredo de Dark Marks, exceto seus Comensais da Morte e, certamente, do Ministério. Os Comensais da Morte não teriam saído mostrando seu antebraço para o Ministério, e sem o conhecimento prévio de que o círculo íntimo de Comensais da Morte o possuía, o Ministério provavelmente não pensaria em verificar os antebraços do suspeito aleatoriamente. Também é improvável que eles notem a Marca Negra - a maioria das vestes cobre os antebraços e, quando a maioria dos Comensais da Morte estava sendo julgada, o Lorde das Trevas havia caído, então a Marca Negra teria desaparecido.

A marca tornou mais fácil reconhecer alguém como Comensal da Morte, mas desapareceu quando a saúde de Voldemort se desvaneceu.

An inactive Dark Mark appears as a faint mark on the inner part of the left forearm, similar to that of "a vivid red tattoo"; an active one is jet black.

e

The deepness of the Mark's colour is connected to Voldemort's physical health. When Voldemort suffered his first defeat, the Marks on the Death Eaters faded, but as he began regaining his strength, the faded marks became clearer

Além disso, nem todos os Comensais da Morte receberam uma Marca Negra, como Fenrir, por exemplo.

"The werewolf might be allowed to wear Death Eater robes when they wanted to use him, but only Voldemort's inner circle were branded with the Dark Mark: Greyback had not been granted this highest honour."

• Harry Potter sobre a falta de uma Marca Negra de Fenrir Greyback

Fonte: Harry Potter Wikia

Além das evidências de Bellatrix , mais evidências de que as tatuagens da Marca Negra não eram conhecidas vêm da conversa de Harry com Sirius na caverna em Cálice de Fogo (minha ênfase):

“Yeah, you should’ve seen Snape’s face when Karkaroff turned up in Potions yesterday!” said Harry quickly. “Karkaroff wanted to talk to Snape, he says Snape’s been avoiding him. Karkaroff looked really worried. He showed Snape something on his arm, but I couldn’t see what it was.”

“He showed Snape something on his arm?” said Sirius, looking frankly bewildered. He ran his fingers distractedly through his filthy hair, then shrugged again. “Well, I’ve no idea what that’s about ... but if Karkaroff’s genuinely worried, and he’s going to Snape for answers ...”

Karkaroff estava claramente mostrando a sua Marca Negra para Snape. Sirius sabe que Karkaroff era um Comensal da Morte. Sirius também estava na Ordem original da Fênix. Se alguém soubesse sobre as tatuagens da Marca Negra, teria sido a Ordem. No entanto, quando Sirius ouve que um Comensal da Morte conhecido mostra algo em seu braço para um suspeito de Comensal da Morte, ele não tem ideia do que se trata. Parece bastante claro que Sirius simplesmente desconhecia as tatuagens.

No entanto, parece que, mesmo antes do início da segunda guerra, o fato de os Comensais da Morte terem a marca já era mais conhecido. Por um lado, Snape deve ter contado a Dumbledore sobre isso em algum momento porque vemos em suas memórias em Relíquias da Morte que nos meses que antecederam o retorno de Voldemort ele disse a Dumbledore que estava ficando mais escuro:

“Karkaroff’s Mark is becoming darker too. He is panicking, he fears retribution; you know how much help he gave the Ministry after the Dark Lord fell.”

Além disso, Barty Crouch Jr. claramente faz referência à Marca Negra para Snape em Cálice de Fogo enquanto se disfarça de Moody, então presumivelmente ele achou que seria de caráter para Moody saber sobre a Marca Negra:

“ ’Course Dumbledore trusts you,” growled Moody. “He’s a trusting man, isn’t he? Believes in second chances. But me — I say there are spots that don’t come off, Snape. Spots that never come off, d’you know what I mean?”

Snape suddenly did something very strange. He seized his left forearm convulsively with his right hand, as though something on it had hurt him.

Mais importante ainda, quando chegarmos a Ordem da Fênix , Hermione já está assumindo que a falta de uma Marca Negra seria evidência suficiente para mostrar que alguém não é um Comensal da Morte (meu ênfase):

“The trouble is,” she said to Harry, “until V-Voldemort — oh for heaven’s sake, Ron — comes out into the open, Sirius is going to have to stay hidden, isn’t he? I mean, the stupid Ministry isn’t going to realize Sirius is innocent until they accept that Dumbledore’s been telling the truth about him all along. And once the fools start catching real Death Eaters again it’ll be obvious Sirius isn’t one ... I mean, he hasn’t got the Mark, for one thing.”