Eles sofrem danos de ambos bolas de fogo

A chave para mim é a palavra "efeitos" da sua citação:

The effects of the same spell cast multiple times...

Eu argumentaria que o dano causado pela bola de fogo não é um "efeito" no contexto do que sua citação está falando. Esse feitiço simplesmente causa dano e não tem "efeitos" adicionais.

Além disso (como apontado por @PJRZ), a seção citada começa com esta frase:

The effects of different spells add together while the durations of those spells overlap. (PHB, pg. 205)

Isso sugere que feitiços que simplesmente têm um efeito instantâneo não se enquadram nessa regra, pois eles efetivamente não têm durações. Isso também confirma que o contexto mencionado acima é para efeitos contínuos de um feitiço, onde considerar bônus sobrepostos ou efeitos adicionais faz mais sentido.

Instantâneo não é uma duração real, é apenas uma categoria de duração para os propósitos dessa propriedade de um feitiço

Instantâneo significa que não tem duração; quanto à duração de um feitiço listado como instantâneo, entendo que duração nesse contexto significa simplesmente o nome de uma categoria, uma propriedade do feitiço, mas na verdade não é uma "duração", a menos que um número seja fornecido (ou "Até dissipado"); isto é, até que um período de tempo passe para tornar a "duração" significativa.

De PHB, pág. 203:

Duration

A spell's duration is the length of time the spell persists. A duration can be expressed in rounds, minutes, hours or even years. Some spells specify that their effects last until the spells are dispelled or destroyed.

Instantaneous

Many spells are instantaneous. The spell harms, heals, creates or alters a creature or an object in a way that can't be dispelled, because the magic only exists for an instant.

Além disso, Guia de Xanathar para tudo (pág. 77) tem a dizer sobre Efeitos Simultâneos (obrigado a @V2Blast por sugerir isso):

If two or more things happen at the same time on a character or monster’s turn, the person at the game table — whether player or DM — who controls that creature decides the order in which those things happen. For example, if two effects occur at the end of a player character’s turn, the player decides which of the two effects happens first.

Isso também sugere que ambos bolas de fogo devem ser resolvidos separadamente, fazendo testes de resistência e testes de dano separados como se não tivessem acontecido simultaneamente, mas um após o outro como se tivessem acontecido uma fração de tempo.

Duas defesas

Sua intuição está correta. Embora os efeitos descritos ocorram no mesmo turno e no mesmo gatilho, são dois efeitos separados e únicos que precisam ser adjudicados separadamente. Isso é mais facilmente interpretado em virtude da duração instantânea da Fireball e há um número infinito de durações instantâneas que ocorrem em qualquer turno.

Isso pode ser interpretado de maneira semelhante a pisar em uma placa de pressão que aciona duas armadilhas separadas, talvez dardos envenenados e uma lâmina oscilante. Embora os dois efeitos estejam acontecendo por causa do mesmo gatilho, eles são separados e únicos.

Seu exemplo específico descreve efeitos instantâneos, mas pode ser útil para você entender essas outras perguntas para comparar com efeitos que têm efeitos a longo prazo, pois estão diretamente relacionados à citação de suas regras.

Como você determina o 'efeito mais potente' para a sobreposição de feitiços?

Os Guardiões Espirituais soletram pilhas com vários lançadores?

Como GM, eu procuraria primeiro o que faz sentido e depois as regras.

O que faz sentido é que, se você já está pegando fogo, um segundo não faz toda essa diferença. Os incêndios não "se acumulam" de maneira linear, caso contrário, você pode manter velas suficientes juntas para iniciar a fusão.

O que também faz sentido é que dois são mais de um e o esforço adicional gasto deve ser recompensado.

Eu governaria assim:

Role o dano e economize para as duas bolas de fogo, aplique apenas o dano maior

Isso também resolve a natureza explorável dos glifos mencionados em outros comentários: não importa quantos glifos você adicione, na melhor das hipóteses você ainda recebe apenas uma bola de fogo com dano máximo.

Esta resposta fornecerá uma interpretação alternativa das regras, em contraste com esta outra resposta.

One Save

"Instantâneo" é uma duração válida

Dado que está listado na entrada "Duração", "instantâneo" certamente é uma duração, embora seja tão pequena que não possa ser descrita na estrutura de regras usual (por exemplo, rodadas). Isso também corresponde ao uso usual de "um instante", como uma duração muito curta.

Como os dois feitiços são desencadeados em justamente No mesmo instante, as bolas de fogo se sobrepõem exatamente pelo mesmo curto período de tempo.

Dano é um efeito válido de um feitiço

O termo "efeito" não é, tanto quanto eu sei, definido nas regras. Entretanto, feitiços de área (como bola de fogo) têm um Área de efeito, o que seria inútil se não produzissem efeitos.

Em linguagem comum, uma explosão (e o dano que ela causa) certamente também deve contar como "um efeito" de algum tipo.

Resumindo: As duas bolas de fogo produzem um certo efeito (dano de fogo) durante exatamente a mesma duração (por menor que seja), e assim se sobrepõem e somente o efeito mais forte (dano maior) se aplica.

Decisão pessoal

Eu nunca permitiria que glifos de guarda se acumulassem assim, simplesmente porque é tão facilmente abusável: por que um BBEG e um arquiteto de masmorra que se preze gastam o 10.000gp em armadilhas diabólicas, quando eles podem simplesmente cobrir a entrada com o 50 Glyphs of Warding pelo mesmo preço, garantindo a morte instantânea para alguém tolo o suficiente para invadir? Eles ainda teriam que ser encontrados e desarmados individualmente, fornecendo um fracasso quase certo para qualquer ladino ganancioso e, mesmo com a evasão, eles não fariam todos os 50 dessas economias.

Isso nem considera outros usos, como ser capaz de curar-se instantaneamente e se lustrar enquanto estiver em seu santuário interior, sem sequer tomar uma ação para fazê-lo.