Se você já recusou um visto no passado, foi você quem recusou, e não o seu passaporte. É irrelevante se você mudou posteriormente o passaporte, seja qual for o motivo.
Se você não divulgou essa recusa em um aplicativo subsequente, agora você tem um problema. Se o país ao qual você está se inscrevendo agora souber dessa recusa, mas você não a divulgar, eles negarão sua entrada e possivelmente imporão uma longa proibição por engano.
Se agora você divulga a recusa anterior, o país ao qual você está se candidatando desejará saber por que você não a divulgou antes. Se você não tiver uma excelente explicação, eles negarão um visto e possivelmente aplicarão uma longa proibição por engano.
A partir das tags e dos seus comentários, parece que você está se candidatando ao Reino Unido, tendo sido anteriormente recusado pelos EUA. Esses países compartilham muitas informações sobre imigração. Você deve assumir que os dois países sabem tudo sobre o seu histórico de vistos.
Seu histórico de recusas de visto, associado a uma falha na divulgação de recusas anteriores, torna sua situação complexa. Você faria bem em considerar contratar um advogado do Reino Unido com experiência em imigração se você realmente deseja visitar o Reino Unido.